南十字龙的其中一个标本发现于巴西南部南里约格朗德州（Rio Grande de Sul）的圣玛利亚组（Santa Maria Formation）地层[1]。南十字龙由当时在美国自然史博物馆工作的内德·科尔伯特（Edwin Harris Colbert）叙述、命名。模式种是普氏南十字龙（Staurikosaurus pricei）。
因为被发现的时候是1970年，而当时在南半球的恐龙发现例子极少，因此恐龙的名字便根据只有南半球才可以看见的南十字星座命名，巴西国旗上也有南十字星座的图案。
种名是以科尔伯特的古生物学同事Llewellyn Ivor Price为名[1]。